حيث أنها تضم مجموعة من العلماء ولهم إلمام بالنظم المالية والاقتصادية واالمصرفية، ويتم انتخاب الهيئة من قبل الجمعية العمومية للبنك وهي تأتي في مرتبة أعلى من مجلس الإدارة، وتشرف هيئة الرقابة الشرعية على جميع أعمال البنك للتأكد من شرعيتها، كما تعمل الهيئة على استحداث أساليب استثمارية وتمويلية شرعية وتعمل على مراجعة جميع العقود المعمول بها في البنك والافتاء في كل ما يعرض عليها من قضايا. يرأس هيئة الرقابة الشرعية فضيلة الدكتور صادق قنديل وتضم في عضويتها إخوة من العلماء الأفاضل.